circos中的pattern怎么使用

這篇文章主要講解了“circos中的pattern怎么使用”，文中的講解內(nèi)容簡單清晰，易于學(xué)習(xí)與理解，下面請(qǐng)大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學(xué)習(xí)“circos中的pattern怎么使用”吧！

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在官網(wǎng)提供的配置文件示例中，經(jīng)常會(huì)見到pattern這個(gè)參數(shù)。這個(gè)參數(shù)的作用和fill_color類似，都用于指定填充的樣式，只不過fill_color使用顏色進(jìn)行填充，pattern則用點(diǎn)和線進(jìn)行填充。

在hisograms, heatmap，links這3種block 中，可以使用pattern參數(shù)，指定填充的樣式，用法如下：

pattern = checker

pattern參數(shù)的取值范圍包括以下9種：

1. solid

2. hline

3. hline-sparse

4. vline

5. vline-sparse

6. checker

7. checker-sparse

8. dot

9. dot-sparse

在軟件的安裝目錄下的etc/patterns.conf中，保存了pattern的配置信息

在tiles目錄下，可以找到每種樣式對(duì)應(yīng)的圖片。根據(jù)名字，可以把分成以下5大類別

1. solid

2. hlines

hlines :

hlines-sparse :

3. vlines

vlines :

vline-sparse:

4. checker

checkers :

checkers-sparse:

5. dots

dots :

dots-sparse :

solid代表完全填充，hlines代表水平線填充，vlines代表豎線填充，checker代表格子填充，dots代表用點(diǎn)填充；加上sparse后綴，相比不加后綴時(shí)，會(huì)稀疏一點(diǎn)。

pattern默認(rèn)的樣式都是白底黑字，可以結(jié)合color屬性來改變其顏色。有以下兩種寫法：

1. 指定一個(gè)具體的顏色

示例

color = red
pattern = hlines

此時(shí)白色的背景依然不會(huì)變，但是默認(rèn)的黑色的字體會(huì)替換成紅色

2. 指定替換的模式

示例

color = white:red,black:orange

冒號(hào)分隔的兩個(gè)顏色代表替換的意思，white:red表示將默認(rèn)的白色背景替換成紅色，black:orange代表將黑色替換成橙色。

結(jié)合pattern和color, 可以使得填充更加的多元化?？匆粋€(gè)例子

對(duì)應(yīng)的配置文件為

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
<links>
<link>
file   = data/8/15/links.txt
ribbon = yes
flat   = yes
radius        = 0.95r
bezier_radius = 0r
crest         = 0.2
<rules>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
color      = black:dblue,white:vlblue
z          = 10
</rule>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
z          = 5
</rule>
</rules>
</link>
</links>
<<include etc/housekeeping.conf>>

感謝各位的閱讀，以上就是“circos中的pattern怎么使用”的內(nèi)容了，經(jīng)過本文的學(xué)習(xí)后，相信大家對(duì)circos中的pattern怎么使用這一問題有了更深刻的體會(huì)，具體使用情況還需要大家實(shí)踐驗(yàn)證。這里是創(chuàng)新互聯(lián)，小編將為大家推送更多相關(guān)知識(shí)點(diǎn)的文章，歡迎關(guān)注！

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